El funcionamiento en seco es una de las características clave que diferencian las bombas de diafragma accionadas por aire de otros tipos de bombas. En la mayoría de los casos esto no dañará la bomba, ni sus elementos. Por eso, las bombas AODD se utilizan a menudo en aplicaciones en las que el fluido puede agotarse inesperadamente (desagüe de sumideros, trasvase de tanques y cisternas, etc.).

Sin embargo, debemos ser conscientes de los pocos efectos secundarios resultantes del funcionamiento en seco de la bomba y los costos y riesgos asociados con él.

Cuando funciona en seco, la bomba de diafragma no se sobrecalentará; no hay superficies que rocen entre sí y generen un exceso de calor. Además, la cavitación de succión de la bomba AODD no es tan destructiva como en el caso de las bombas rotativas. Sin embargo, no se recomienda funcionar en seco constantemente o durante períodos prolongados.

El funcionamiento en seco es improductivo y costoso. La bomba de diafragma que funciona en seco acelera. Una bomba de funcionamiento en seco puede funcionar de dos a tres veces más rápido que cuando está bajo carga. Esto resultará en un mayor consumo de aire (costo de electricidad) y un consumo improductivo de los ciclos de diafragmas. Debido al aumento de la velocidad de la bomba durante el funcionamiento en seco, los diafragmas realizarán muchas carreras "vacías" y disminuirán su propia elasticidad (capacidad de volver a su forma original después de haber sido estirada), lo que resultará en una vida útil más corta.